La trufa negra es una especie típicamente mediterránea. Vive en climas con sequía estival, de diferente duración según las regiones, pero con un límite en cuanto a las precipitaciones anuales (entre 500-900 mm) y especialmente estivales: nunca inferiores a 50-60 mm, pues son imprescindibles para el desarrollo de los primordios formados en primavera, que darán lugar a las futuras trufas.

En la provincia de Soria, la trufa negra se presenta siempre sobre litologías calizas o areniscas con cemento calizo.

Los suelos se caracterizan por ser poco evolucionados, con abundante pedregosidad y poco contenido de arcillas. El pH siempre es superior a 7 y más frecuentemente próximo a 8. Son suelos que no tienen carencias importantes de nutrientes, pero generalmente presentan poca materia orgánica.

La vegetación es siempre un bosque de encina, puro o mezclado con otras especies, entre las que destacan: el quejigo (Quercus faginea), el pino (Pinus pinaster, Pinus sylvestris, principalmente), o el enebro (Juniperus thurifera). De estudios previos realizados, se calcula que la superficie potencial trufera para la provincia de Soria representa el 20% de la superficie forestal provincial.

Estos bosques, presentan, además la peculiaridad de que son bosques abiertos sobre suelos pobres y poco evolucionados. Estos lugares se consideran en los mapas de productividad potencial como "no productivos", ya que no son aptos para la agricultura, no hay crecimientos maderables considerables y ni tan siquiera presentan un pastizal adecuado para la ganadería. Pero esta afirmación sería cierta si, efectivamente, no consideramos a las trufas.

Cualquier cambio en estas condiciones extremas provoca, sin embargo, la desaparición del hongo de la trufa. De esta manera, la mayoría de los sitios productores de trufa son bordes de zonas de cultivo, zonas cultivadas antiguamente, carboneras (zonas donde se hacía carbón), caleras (zona donde se obtenía cal), zonas con intenso pastoreo, barrancos, lomas y colinas con pendiente, etc.

Normalmente todas las plantas truferas acaban formando en el terreno una zona desprovista de vegetación que se conoce como "quemado" o "calvero".

En estos calveros o quemados, la escasa vegetación que logra colonizarlos se seca, quedando el suelo prácticamente desnudo. Este hecho se explica por la acción competitiva y herbicida del propio micelio en contra de las plantas competidoras del árbol simbionte. No obstante, determinadas especies subsisten en este tipo de terrenos, lo que tiene una enorme importancia desde el punto de vista de la diversidad del ecosistema.